세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하는 것이나, 사업자가 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 공급시기로 보는 것입니다.  

1. 귀 상담의 경우 분양대금을 공급시기 전에 납부하고 세금계산서를 수취할 수 있는 것이며 사업자의 부가가치세 신고시 납부할 세액에서 매입세액으로 공제를 받을 수 있는 것입니다. 
2. 사업자가 중간지급 조건부로 재화를 공급함에 있어서 계약 당사자간의 사전 약정에 의하여 대금의 각 부분을 계약서상의 지급일 이전에 납부하는 때에는 일정금액을 차감하여 준다는 내용을 계약서상에 명시하고 지급일 이전에 납부 받음으로써 당해 금액을 차감해 준 경우에는 그 차감된 금액을 과세표준으로 하여 그 대금을 지급받는 때에 세금계산서를 교부하여야 하는 것입니다 (선납시 할인액을 차감한 금액으로 세금계산서를 발행한다는 의미임) 
3. 용역의 공급시기가 불분명하고 부가가치세법 시행령 22조 1,2호를 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보는 것입니다. [국세청 답변내용 준용]   

◈ 참고사례 

(부가46015-4937, 1999.12.16)

사업자가 계약에 의하여 재화나 용역을 공급한 후 당초 계약내용의 변경사유가 발생하여 거래당사자간의 합의에 의하여 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 부가가치세법시행령 제59조의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 동법 제9조의 규정에 의한 거래시기에 적법하게 발행된 세금계산서의 거래일자는 수정할 수 없는 것임. 

(서면3팀-1587, 2007.05.25)

「부가가치세법」 제9조에 의한 공급시기에 세금계산서를 교부한 후 같은법 시행령 제52조 제3항의 규정에 의한 할인액이 발생한 경우에는 당초 세금계산서상의 공급대가(공급가액과 세액의 합계액)에서 실지 지급받은 공급대가와의 차액을 공급가액과 세액으로 구분기재한 (감액)수정세금계산서를 교부하는 것임. 

(부가46015-938, 1999,04.06)

사업자가 중간지급 조건부로 재화를 공급함에 있어서 계약 당사자간의 사전 약정에 의하여 대금의 각 부분을 계약서상의 지급일 이전에 납부하는 때에는 일정금액을 차감하여 준다는 내용을 계약서상에 명시하고 지급일 이전에 납부 받음으로써 당해 금액을 차감해 준 경우에는 그 차감된 금액을 과세표준으로 하여 그 대금을 지급받는 때에 세금계산서를 교부하여야 하는 것임. [끝]